Marie Valerie qua đời tại Lâu đài Wallsee vào ngày 6 tháng 9 năm 1924 vì lymphoma. Không lâu trước khi qua đời, chị gái Gisela của Valerie đã viết trong một lá thư rằng: "Ta phải nói thêm rằng ta đã nhìn thấy Valerie - hoàn toàn tỉnh táo, hoàn toàn nhận thức được tình trạng của con bé và rất nhiệt thành chấp nhận, thậm chí vui vẻ chờ đợi sự ra đi sắp xảy đến với con bé, đến nỗi ta tin rằng sẽ có một sự hồi phục bất ngờ sẽ khiến cho em ta thất vọng." [lower-alpha 2]Marie Valerie được chôn cất trong hầm mộ phía sau bàn thờ cao tại nhà thờ giáo xứ ở Sindelburg, Áo. Hàng ngàn người đã theo sau quan tài cho tới khi đến nơi an nghỉ của Hoàng nữ.

Ngày 28 tháng 4 năm 1934, mười năm sau khi của Valerie qua đời, Franz tái hôn với Freiin (tước hiệu tương ứng với Nam tước) Melanie von Riesenfels. Đây là một cuộc hôn nhân bất đăng đối; đám cưới diễn ra ở Viên. Cặp đôi gặp nhau sau cái chết của Valerie tại nhà của Melanie, Cung điện Seisenegg, nơi Melanie sống cùng hai chị gái Maria Anna và Johanna. Sau đám cưới, cặp đôi sống tại Seisenegg.

Franz Salvator qua đời vào ngày 20 tháng 4 năm 1939 tại Viên.

Cây cầu Mária Valéria nối thị trấn Esztergom của Hungary và thị trấn Štúrovo (bấy giờ tên là Parkány) của Slovakia qua sông Danube được khánh thành vào năm 1895, được đặt theo tên của Marie Valerie.